Am 20. Juni 2000 gründeten die Alfried Krupp von Bohlen und Halbach-Stiftung, das Land Mecklenburg-Vorpommern und die Universität Greifswald die Stiftung Alfried Krupp Kolleg Greifswald. Als Stiftung bürgerlichen Rechts leistet sie gemäß ihrer Satzung insbesondere durch den Betrieb des Alfried Krupp Wissenschaftskollegs Greifswald einen Beitrag zur Förderung von Wissenschaft und Forschung an der Universität Greifswald.

Die Stiftung ist unabhängig und ermöglicht wissenschaftliche Arbeit von dauerhaft hoher Qualität. Diese Unabhängigkeit war das zentrale Anliegen, das Professor Dr. h. c. mult. Berthold Beitz, der damalige Kuratoriumsvorsitzende der Alfried Krupp von Bohlen und Halbach-Stiftung, mit seiner Initiative zur Gründung der Stiftung Alfried Krupp Kolleg Greifswald verband.

Die Alfried Krupp von Bohlen und Halbach-Stiftung brachte einen erheblichen Teil des Stiftungskapitals in Form von Grund und Boden sowie Gebäuden und deren die Einrichtung ein. Das Finanzkapital stammt zu gleichen Teilen vom Land Mecklenburg-Vorpommern und der Universität Greifswald. Hinzu kommen jährliche Zuwendungen aller Stifter und dauerhaft abgesicherte Personalmittel der Universität.